Для этого заходим в PhpMyAdmin, выбираем нашу базу данных слева, и вверху переходим во вкладку SQL, после чего в поле ввода запроса делаем запрос:
update oc_category
set status=0
where category_id not in (select category_id from oc_product_to_category)
таким образом мы отключаем все пустые категории и подкатегории.
