Редактируем файл: catalog/controller/common/header.php
После строчки
$data['text_logged'] = sprintf($this->language->get('text_logged'), $this->url->link('account/account', '', true), $this->customer->getFirstName(), $this->url->link('account/logout', '', true));
Добавляем
$data['compare'] = $this->url->link('product/compare');
$data['text_compare'] = sprintf($this->language->get('text_compare'), (isset($this->session->data['compare']) ? count($this->session->data['compare']) : 0));
Дальше в шапке вашего шаблона catalog/view/theme/мой шаблон/template/common/header.twig выводим в нужном месте:
<a href="{{ compare }}">{{ text_compare }}</a>